Augaluose esantys cheminiai junginiai, turintys gydomųjų savybių, vadinami veikliosiomis medžiagomis. Augale yra keletas ar net keliolika šių medžiagų, kurios kaupiasi visame augale arba atskirose jo dalyse – šakniastiebiuose ir šaknyse, lapuose, žieduose, vaisiuose, pumpuruose, sėklose, žievėje. Šių medžiagų kiekis ir kokybė priklauso nuo augalo rūšies, augimvietės, rinkimo laiko, džiovinimo būdų ir žaliavos laikymo sąlygų.
Gleivės. Neazotinės, angliavandenių prigimties, artimos pektinams ir celiuliozei, vandenyje brinkstančios medžiagos. Gleivės suminkština ir padengia burnos, kvėpavimo takų, skrandžio bei žarnyno gleivines ir taip apsaugo jas nuo dirginamųjų bei nuodingųjų medžiagų.
Karčiosios medžiagos. Neazotinės labai karčios medžiagos, žadinančios apetitą, skatinančios skrandžio sulčių skyrimąsi, gerinančios virškinimą. Gausiau jų randama gencijoninių ir astrinių šeimų augaluose (pvz., pelyne).
Fitoncidai. Labai skirtingos cheminės sudėties toksinės organinės medžiagos, susidarančios augaluose medžiagų apykaitos procese. Jos naikina mikrobus, pelėsinius grybus, infuzorijas. Fitoncidų yra svogūnuose, česnakuose, raudonuosiuose pipiruose, krienuose ir daugelyje kitų augalų.
Saponinai. Glikozidinio pobūdžio neazotinės medžiagos, sudarytos iš cukrinės dalies – glikono ir necukrinės dalies – sapogenino. Jie yra nuodingi ir nenuodingi. Nuodingi dirgina gleivinę, sukelia vėmimą. Saponinai plakami su vandeniu putoja. Jų yra įvairiuose augalų organuose, o ypač gvazdikinių, raktažolinių, bervidinių, erškėtinių šeimų augaluose. Medicinoje naudojami atsikosėjimui palengvinti ir šlapimo išsiskyrimui skatinti.
Mineralinės medžiagos. Tai elementai esantys organizmo ląstelėse ir lemiantys fermentų bei vitaminų sintezę ir aktyvumą.
Geležis, varis, cinkas, kobaltas dalyvauja kraujodaros procesuose ir mineralinių medžiagų apykaitoje. Varis pagreitina geležies pasisavinimą, kobaltas veiksmingas tik esant pakankamai geležies ir vario. Kobalto yra hemoglobino sudėtyje, jis reikalingas širdies raumens funkcijai, kalis – normaliam širdies ritmui. Manganas gerina regėjimą. Su mineralinėmis druskomis žmogus gauna 15 ir daugiau cheminių elementų.
Pektinai. Tai sudėtingi polisacharidai. Jie svarbūs žmogaus organizmui kaip biologiškai aktyvios medžiagos. Pektinai absorbuoja žalingas virškinamojo trakto bakterijas bei jų išskiriamus nuodingus produktus, palaiko naudingų žarnyno mikroorganizmų gyvybingumą, pagreitina maisto virškinimą, slopina puvimo procesus žarnyne, reguliuoja lipidų apykaitą, skatina cholesterolio išsiskyrimą iš organizmo, apsaugo nuo aterosklerozės.
Organinės rūgštys. Augaluose gali būti laisvos arba druskų pavidalo. Jos sustiprina virškinimo sulčių rimą ir žarnyno peristaltiką. Dažniausiai augaluose būna skruzdžių, obuolių, citrinų, acto, vyno, oksalo, gintaro rūgščių. Jos suteikia vaisiams ir uogoms rūgštų skonį.
Raugai. Amorfinės, stipriai sutraukiančio skonio, tirpstančios vandenyje neazotinės fenolio darinių organinės medžiagos. Ore, veikiamos fermentų, jos greitai oksiduojasi ir virsta tamsiai rudomis arba raudonai rudomis medžiagomis – flobafenais, nuo kurių daugumos augalų nuovirai paruduoja. Šios medžiagos veikia baktericidiškai (naikina bakterijas), slopina žarnyno motoriką. Raugai pasižymi stipriu sutraukiančiu, kraujo krešėjimą skatinančiu, uždegimą mažinančiu veikimu.
Vitaminai. Jie taip pat priskiriami prie veikliųjų medžiagų grupės. Tai labai sudėtingos organinės medžiagos, kurios, nors ir mažais kiekiais, yra būtinos žmogaus organizmo normaliai veiklai: reguliuoja gyvybinius procesus, dalyvauja fermentinėse medžiagų apykaitos reakcijose. Trūkstant vitamino A, sutrinka augimas ir regėjimas; kai trūksta vitamino E, sutrinka baltymų, riebalų ir kai kurių sacharidų apykaita. Vitaminas E – labai aktyvus antioksidantas. Vitaminai B1 , B6 , PP reikalingi nervų sistemos veiklai. Vitaminas C didina organizmo atsparumą. Kai organizmui trūksta vitamino K, sutrinka kraujo krešėjimo procesas. Vitaminas P reguliuoja kraujagyslių pralaidumą, mažina jų trapumą. Jei trūksta vitaminų, žmogus greitai pavargsta, netenka apetito, atsiranda kaulų skausmai, sumažėja atsparumas užkrečiamoms ligoms. Pats organizmas vitaminų negamina, dėl to jų gauti turi su maistu. Kai kurie junginiai, patekę į organizmą su augaliniu maistu, virsta vitaminais. Jie vadinami provitaminais (beta-karotinas organizme virsta vitaminu A).
Eteriniai aliejai. Tai lakios, skirtingos cheminės sudėties, aliejaus konsistencijos, specifinio kvapo medžiagos. Tai organinių junginių: terpenų, alkoholių, aldehidų, ketonų ir kt., mišinys. Šiuo metu iš eterinių aliejų išskirta šimtai įvairių junginių. Pasaulyje žinoma apie keli tūkstančiai kvapiųjų augalų rūšių. Eteriniai aliejai netirpsta vandenyje, bet gerai tirpsta riebaluose ir organiniuose tirpikliuose. Farmakologinis eterinių aliejų veikimas priklauso nuo jų cheminės sudėties. Vieni turi dezinfekuojamųjų savybių, mažina uždegimą, ramina, lengvina atsikosėjimą, skatina šlapimo skyrimąsi. Kiti dirgina odą, gleivinę ir vartojami inhaliacijoms ir išoriškai (gaminami jų tepalai). Vartojami ir pavieniai, iš eterinių aliejų, išskirti komponentai, pvz., mentolis (iš pipirmėčių), eugenolis (iš laurų, gvazdikėlių), timolis (iš čiobrelių), citralis (iš melisų, citrusinių vaisių) ir kt.
Flavonoidai. Fenolio junginių augaliniai pigmentai. Žmogus juos pasisavina su augaliniu maistu. Flavonoidai yra svarbiausi, išskyrus chlorofilą, augalų pigmentai. Pagrindiniai iš jų – skaisčiai raudoni, avietiniai ir purpuriniai antocianai, blyškiai geltonos spalvos flavonai (pvz., rutinas), geltoni flavonoidai chalkonai bei auronai ir bespalviai – flavanonai bei izoflavanonai. Šie junginiai kaupiasi beveik visuose aukštesniuose augaluose, išskyrus centrasėklių eilės augalus. Flavonoidai suteikia augalui spalvą, aromatą ir skonį. Kai kurie iš jų sumažina radioaktyvų poveikį organizmui, reguliuoja kraujagyslių elastingumą, skatina cholesterolio išsiskyrimą iš organizmo. Flavonoidai netoksiški. Flavonoidai – aktyvios antispazminės, tulžį varančios, antivirusinės, kraujavimą stabdančios, šlapimo išsiskyrimą skatinančios veikliosios medžiagos.
Glikozidai. Sudėtingos, organinės, nelakios, karčios, dažniausiai kristalinės, gerai tirpstančios vandenyje ir spirite medžiagos, sudarytos iš cukrinės dalies – glikono ir necukrinės – aglikono. Glikozidų farmakologinis aktyvumas priklauso nuo aglikono. Glikozidų farmakologinis aktyvumas priklauso nuo aglikonų. Jie kaupiasi įvairiose augalų dalyse, ištirpę ląstelių sultyse. Skirtingų augalų šeimose yra ir skirtingos cheminės prigimties glikozidų. Medicinoje ypač svarbią reikšmę turi širdį veikiantys glikozidai: cimarinas, adonitoksinas, konvalatoksinas, konvalamarinas, digitoksinas, eriziminas ir kiti.
Glikozidų kaupimu pasižymi bervidinių, bastutinių, lelijinių šeimų atstovai. Vieni glikozidai nuodingi, kiti – ne. Glikozidų turinti žaliava džiovinama greitai 60-70° C temperatūroje, nes lėtai džiovinant glikozidai skyla ir susidaro antrinių bei tretinių glikozidų, kurie farmakologiškai mažiau aktyvūs.
Alkaloidai. Sudėtingi baziniai organiniai junginiai, sudaryti iš anglies, azoto, vandenilio, deguonies. Alkaloidai yra bespalvės, kietos, kristalinės arba amorfinės medžiagos, kartais skysčiai, dažniausiai nuodingi, gerai tirpstantys spirite, eteryje ir chloroforme, blogai vandenyje. Su rūgštimis jie sudaro druskas, gerai tirpstančias vandenyje. Augaluose alkaloidai yra druskų pavidalo. Alkaloidai kaupiasi vaisiuose, sėklose, lapuose, šaknyse, žievėje. Tas pats alkaloidas gali būti įvairiuose augaluose, o ir viename augale gali būti daug skirtingų alkaloidų, pasižyminčiu skirtingu veikimu. Augalo vegetacijos metu jų kiekis kinta: daugiausia alkaloidų susikaupia augalų žydėjimo tarpsniu, o sėklose, šaknyse, žievėje – vegetacijos pabaigoje. Augalai, kuriuose kaupiasi alkaloidai – nuodingi, todėl ruošiant jų vaistinę žaliavą būtinas atsargumas. Svarbiausi žinomi alkaloidai – morfinas, kofeinas, kodeinas, atropinas, platifilinas, strichninas, rezerpinas, nikotinas, chininas ir kiti. Alkaloidų kaupimu pasižymi vėdryninių, aguoninių, ankštinių, bulvinių šeimų augalai.
